Khoa Khoa Học Ứng Dụng thuộc trường Đại học Tôn Đức Thắng được thành lập năm 2001, đào tạo kỹ sư của 02 ngành Kỹ thuật Hóa học và Công nghệ sinh học. Khoa KHUD đã từng bước khẳng định vị trí của mình trong hệ thống các cơ sở đào tạo kỹ sư kỹ thuật hóa học và công nghệ sinh học. Chương trình và nội dung đào tạo của các ngành có quan mật thiết với nhau và thường xuyên được cập nhật, cải tiến theo tình hình thực tế, đáp ứng nhu cầu xã hội. Hiện nay, tất cả các chương trình đào tạo của hai ngành đều được biên soạn theo khung chương trình tham khảo từ các trường Đại học thuộc top 100 trên thế giới nhằm giúp thu ngắn khoảng cách giữa đào tạo đại học tại Việt Nam với các nước.